佛學必修五科研讀次第
五科講習乃依先師釋教之說而立，意在直指精微，以階深造，故編次群書，三周區別。周各以一要義貫通，反覆研尋，歷三五載，亦可與入道矣。
初周，主於心性本寂，自覺有此心，而後有此學，故心存則學存，異於外鑠，此之謂知本。
次周，盡心之用，寂相著明，則真智沛發，[A1]捨染趨淨必循軌轉依而不可遏。
三周，充用之量，佛與眾生遍具此心，交感緣起，依等而相同，謂之一法界，弘願行於無極，朝全界之圓淨，斯乃此學之終鵠也。
初周
毘曇科兩種
講習所資，凡五十書，初周先取根本要文，五經七論而已。
《法句經》二卷，吳譯，《藏要》本。佛說以《法句》始，原構不可得而見矣。此從《阿含》輯之，品類次第，略具舊觀，由此知佛教之本也。南傳《法句》，始於雙品，心性本淨，宗義最明。《瑜[A2]伽．思所成地》節引《法句》古注，可先參研。再及《出曜》、《譬喻》諸譯。
《阿毘曇心論頌》一卷，晉譯，院刻稿本。毘曇，所以解佛說也。迦延九分結集，佛語自詮，是為《毘曇本經》。《心論》抉擇舊文，上座正傳，則又為晚出諸論所據。九分始於界品，意在明因。有部毘曇改其次第，未可從也。今取法勝自釋，並參考《論經》、《雜心》、《甘露味》等繹其文義。
般若科兩種
《能斷金剛般若經》一卷，淨譯，院刻本。《金剛經》結九部般若之終，所以明般若歸趣於一心也。發無上心，乃有何住、何行、云何調伏之[A3]問，所以住、行、調伏者，乃在般若。羅什譯傳《大品》，於摩訶薩大心一章別開為《金剛品》，經要於此見矣。宜用隋譯《無著論》對讀。
《菩提資糧論頌》一卷，隋譯，《藏要》本。般若必取資於方便，菩提莊嚴，燦然始末，龍樹之所以建菩薩正行之典範，今存自在比丘釋文，可以參讀。又可取《十住婆沙》參考。
瑜伽科兩種
《摩訶衍寶嚴經》一卷，失譯，院刻會《瑜伽釋》本。瑜伽三乘階梯終歸於菩薩藏，《寶積經．迦葉品》舉十六相以攝藏中教授。今經其異譯也。經談中道，以離言心性實之，瑜伽本此開宗，抉擇分中，解經全文，豈無故歟。今即用《瑜伽釋》合讀。
《辨中邊論頌》一卷，唐譯，《藏要》本。論據《般若》、《寶積》以建立者三，心性勝義，以空性為心性也。平等方便，唯識待於無境，有無義相等也。漸次觀門，能所因果，由境而後及識也。此瑜伽究竟義，亦即大乘究竟義。後世中觀學徒，雖力破之，安能動其毫末哉。唐譯論釋，改易文次，應取陳譯合讀。
涅槃科兩種
《勝鬘師子吼經》一卷，宋譯，《藏要》本。涅槃明法身不壞，因於攝持正法。勝鬘十四義，由此輾轉而生。至說如來藏心感受生死，故為出世正因，則尤屬內學大本之談矣。可用唐譯本參讀。
《大乘法界無差別論》一卷唐譯，院刻稿本。必於菩提存心，乃涉涅槃之樊，論稱菩提心者，此也。十二門義，曲暢其宗，可作《如來藏章》異門而讀。
戒律科兩種
《清淨毘尼方廣經》一卷，秦譯，院刻稿本。經說一切眾生界即法界，探此心源，以得戒體。又詳大戒殊勝因緣，亦本於心勝也。《攝論》所謂《毘奈耶瞿沙方廣契經》，即是此書。可與晉宋異譯及《攝論釋》文參讀。
《菩薩戒本羯磨》二卷唐譯，《藏要》本。攝六度為學處，菩薩心戒增上之[A4]義著矣。備列科條，此為通軌。唐譯文義最勝。可取慧沼《勸發心集》參讀。
上舉五經五論悉歸於性寂自心一義，故成一周。如何保任此心，固有待於嫻習止觀，從容踐履。次下兩籍，堪作準繩，可熟習之。
《解脫道論》十二卷，梁譯《藏要》本。此集上座學說精英，舊師軌範，所存僅此。唐宋習止觀者，皆未及知。由有相而無相，則在運用之妙，又未可拘拘論說也。
《六門教授習定論》一卷，唐譯《藏要》本。此依《瑜伽．修所成地》而嚴密組織之。寂因作意一義，創見於此譯文，蓋所謂不離一切智相應心也。據以通習般若、瑜伽、涅槃三科，觀行皆無礙矣。
次周
次周所習，皆各科正宗，故卷帙稍繁，凡十九種。
毘曇科四種
《四阿含經毘曇[A5]讀》十六卷，晉宋等譯，院刻稿本。佛說歸於分別，毘曇家言從此而出。今用毘曇九分之意，選錄經文，略見後先學說相承之跡而已。以四諦義通經，歸極於無餘涅槃，經亦謂之盡有漏成無漏，可知原有轉依之義。惜小乘毘曇，終不得其解也。
《阿毘達磨俱舍論頌》一卷，唐譯，院刻會譯本。世親依分別說之方法料簡有宗，撰[A6]茲頌本。兼取有、經兩部之長，故盡一書而諸義備，印土傳習謂之聰明論也。分別三科，謂蘊假而界處實者，蓋欲由種子依創明大本。迨後一聞《攝論》，即盡棄所學而學焉，非無故矣。頌義應用世親自釋與《顯宗》對讀。
《大乘阿毘達磨經頌》一卷唐譯，院編稿本。此經久已失傳，今從《攝論》、《莊嚴》等書對勘輯之。經說十類佛語，首以無始時界為依。又謂一依具染淨二分，由是釋成「轉依」新義，以易「解脫」舊言，故結之曰，轉依即解脫也。通般若之微言，闢瑜伽之廣軌，樞機在此，顧可忽諸。應取《攝論》、《莊嚴》釋文合讀。
《大乘阿毘達磨集論》七卷，唐譯《藏要》本。此集《大乘論經》諸思擇處，蓋由所見之真，所涉之廣，所用之切而集之也。故本事分諸門分別，法執不存，抉擇諦得條疏，終歸無住，此其為大乘毘曇不共義歟。可與《雜集論》合讀。
般若科四種
《維摩詰所說經》三卷，秦譯，《藏要》本。經以菩薩解脫法門為宗，不盡有為而不住無為一語盡之，可謂能得方便般若之神髓者矣。心、佛、眾生三無差別，惟聲聞學人，不知眾生性，故不知心性，不知佛性，無上菩提，望而卻步，是誠愚不可及。維摩提嘶警策，用全力以周旋，又何其真切也。經文可與唐譯對讀。
《摩訶般若波羅蜜經》廿七卷，秦譯，院刻稿本。
《大智度論》節本二十卷，秦譯，院刻稿本。龍樹創宏般若，羅什得其真傳，故所譯經論，篇章開合，具見匠心。經以法名受三假開宗，以涅槃如幻結論，遮小宗之拘執，示佛語之真詮，不壞假名而說實相，是般若之正義也。論判般若、方便兩道，貫攝全經，運空自在，後得智無住行，方以建立，與瑜伽說何殊。乃其義不傳印度，遂有中觀紛執，以迄於今，亦憾事矣。論文繁重，今節錄解經文句成二十卷，以便研學。
《中論頌》一卷，秦譯，院刻本。般若歷百八法而觀空，《中論》示其方隅之作也。緣起法如幻化而有自性執者，蓋由取因假設為之。論以假名成空，滅除戲論，要旨在此。惟青目釋能得其意。據《無畏論》銷文，不逾規矩。今應以唐譯《般若燈》刊定文義，更於青目釋求其正解。又可參考《順中論》。
瑜伽科四種
《解深密經》五卷，唐譯《藏要》本。經解不了義佛語，於空性義，尤三致意焉。三相以成無性，七如以判勝義，皆分別說空而示異於一切說也。依他無執而知圓成，唯識真如，唯識所現，此悉繫於瑜伽，故《分別瑜伽》一品，至詳且盡，論之宗經中可見也。經分染淨法為依圓，而發起觀行必從依他著力，此又旁通於《大乘毘曇經》矣。可取宋陳異譯對讀。
《瑜伽師地論本地分菩薩地》，十六卷唐譯，《藏要》本。《瑜伽》[A7]繫重心於《菩薩地》，亦猶《華嚴》之有《十地品》也。十法四周，敷陳道果，而獨詳明持法。自種姓發心，以至一切菩提分，無不攝焉。蓋三祇難行，精勤不息，必任持此心不失，乃有堪能。則捨六度萬行，觸處憑依，又何以致其操存之功歟。此論可取涼宋異譯及《大乘莊嚴經論》對讀。又宜參考《瑜伽抉擇分．真實品》一段。
《顯揚聖教論頌》一卷，唐譯，院刻本。
《攝大乘論本》一卷，唐譯，《藏要》本。《顯揚》宗《深密經》，《攝論》宗《毘曇經》，俱說依他為雜染。而一則別淨法為圓成，一則[A8]通依他有淨分，立意不無微異矣。《顯揚》以二諦立綱，視慧度、瑜伽為一，此承前般若之說。《攝論》由名言種而說自性緣起，藉意言而入所知相，此啟後唯識之宗。學說潛移，亦不可不知也。《顯揚》釋《思所成》，謂離九事，《攝論》解無分別智，謂離五相，無思其所不思，無分別其所不分別，如此而已矣。《顯揚頌》可取《釋論》尋繹文義，《攝論》可取[A9]陳魏隋異譯及《世親釋論》合讀。
涅槃科四種
《妙法蓮華經》七卷，秦譯，《藏要》本。
《大般涅槃經．正法分》八卷，涼譯，院刻本。三乘方便之義不著，聲聞回大之事無徵，則一切眾生皆有佛性亦未易言也。《法華》於此，著語無多，曲譬而喻，堪云《涅槃》之先河矣。佛出世間，唯一因緣，開示佛智。說法意無不慈，而聞者或未能信，以是究竟勝義，垂滅乃宣。涅槃卅二問，最初長壽因緣，即在慈護眾生。又說一闡提於佛語無絲毫信受，此與《法華》之義可謂後先相貫也。惟一闡提，窮極世欲，故於佛語漠然。眾生有佛性云者，直下承當，由己所欲，而由人乎哉。《法華》可[A10]以魏譯《優婆提舍》[A11]參讀。梵藏僅傳略本，今判為《正法分》先讀，並以《大法[A12]鼓經》及《本有今無偈論》參讀。
《楞伽阿跋多羅寶經》四卷，宋譯，《藏要》本。經依毘曇百八句推闡諸佛內證聖智第一義心，原始要終，為涅槃學之正軌。唯佛與佛乃盡實際，故經說自共法相，一出於法佛等流，誠所謂佛境也。至以阿賴耶識解如來藏，謂為善不善因，及其致也，心轉依而即真如，亦即解脫。三法會歸，則又益窮《勝鬘》之奧蘊矣。可用唐譯本合讀。
《究竟一乘寶性論偈》一卷，魏譯，《藏要》本．涅槃宣說三寶同一性相，常住不變，論初三句，抉擇此宗。餘四句說「性」、「菩提」、「功德」、「業」，蓋又今本《涅槃》未傳之義也。空寂與佛性，一法而異詮，斯乃說意之殊，豈空性而外別有佛性也哉！拘拘空有之見，難以得其真矣。頌本取釋繹文，又可用《佛性論》參考。
戒律科一種
《郁伽長者所問經》一卷，曹魏譯，院刻稿本。經說菩薩二聚居家出家戒德行處，各盡其極，入道之實，未容稍忽也。出家功德殊勝，而在家地亦可以方便度行學出家戒，是乃不共之談，堪以建立居士道場者也。可用《優婆塞戒經》參讀。
此周要旨在於轉依，道遠時長，困行艱慮，果何以增上相資。習次[A13]兩書，當有所得。
《因明入正理論》一卷，唐譯，《藏要》本。思惟論議，有軌可循，則致用宏而事功倍，因明其必學也。方式運用，或逐時推移，而真實簡持，酌[A14]中立說，無逾於《入論》矣。可用《理門論》參讀，以盡其義。
《大方廣佛華嚴經．修慈分》一卷，唐譯，院刻稿本。《涅槃經》謂慈為善本，慈即佛性，誠哉有得於道心實德之言也！唯心有慈，乃不忍於己，而難已於圓滿佛智之求。不忍於人，而弗捨於成熟有情之願，菩提根本，豈不在是歟！《修慈分》說三劫廣行，應修慈心以自調伏，庶幾於菩提分安樂不疲，處流轉中，無感苦逼。學者欲[A15]習增上止觀，應知所務矣。
三周
三周窮各科之究竟，所習之書，亦十九種。
毘曇科四種
《諸法集要經》十卷，宋譯，院刻本。《阿含》別裁有《正法念處經》，晚世一分小乘之所宗也。今準《法句》集其伽陀，義本唯心，說詳業感，而以慈忍教授，不捨有情，推論至於六度，亦幾與大乘相通矣。可用《念處經》對讀。
《入阿毘達磨論》二卷，唐譯，院刻稿本。
《四諦論》四卷，陳譯，院刻本。《俱[A16]舍論》出，而有部、經部學說變通，各極其致，二論略表見之。《入論》視佛說為法句，乃謂名、句、文身依語而生，如智帶義影像而現，儼然外宗，是執自性實有之極也。《四諦論》力反一切有說，矯枉過正，至不惜與分別論者合流，而謂涅槃因滅為有餘，果滅為無餘，則又沈空之至也。各趨一端，迷途不反，其難語於法界之真，為失均矣。
《論[A17]事標目》一卷，院編稿本。《論事》為錫蘭（今斯里蘭卡）所[A18]傳小乘部執異論，標目二百有餘，一一據上座本宗破之。今條列所破，而諸家異義燦然畢見矣。其中時出新說，如案達派謂有生法二空，中觀家嘗據以自餙其宗，亦可見小乘之善變也。宜與《異部宗輪論》對讀。
般若科四種
《大般若經．曼殊室利分》二卷唐譯，院刻稿本。法界以[A19]平等相建立，惟甚深般若得之，無住縱橫，莊嚴一相，此文殊學與龍樹無著鼎峙者也。經謂法界即是如來，更無所證，我來親近，專為利樂一切有情。蓋由無得研窮，乃能利生純摯，言外之意，不可深長思歟！宜用梁譯本參讀。
《佛母般若圓集要義論》一卷，宋譯，院刻合釋論本。論有二殊勝義，文字般若之為法界等流也，實相般若之為自性淨識也。淨識其境，法界其依，而般若緣起源泉混混矣。三十二門，總攝經要，差別十六空，對治十散動，瑜伽正軌，不紊絲毫，是尤難能可貴也。今存《三寶尊釋論》，可以參讀。
《廣百論釋》十卷，唐譯，院刻稿本。《百論》廣破法自性執，護法以真無俗有釋之最精。蓋謂俗諦親證為先，方乃起說，意兼後得依他而有之也。又謂俗有，託佛悲願，信順修行，意不失於世出世間勝道也。真無以端其趣，俗有以得其通，遂能生死蕭然，利樂無盡，此證性空最極善巧者，又豈徒託空言一法不立已哉！晚世中觀亦以二諦為說，紫朱鄭雅，應知有辨矣。可以《百字論》參讀。
《大乘掌珍論》二卷，唐譯，《藏要》本。般若而瑜伽，一相而三相，說固一貫也。空性實然而於有情未能恝置，其立說之大本一也。空不異色，妄法是常，依他後得之必為利生，所據又一也。清辨獨以中觀標異，緣無所緣，行無所行，蕩然無寄，一往趨空，是齊末之玄談，曾何與於實際。正學銷沉，竟與噲伍，馴至分河空有，視若固然，亦迷倒之甚矣。今附其書《掌珍》於末，以見異萌之田，應加料簡而已。
瑜伽科四種
《華嚴七品頌本》三卷，唐譯，院編稿本。展轉一心，深入法界，此菩薩瑜伽之極致，而《華嚴》所備詳者也。今以《十地品》為總樞，取三處讚及十[A20]回向翼其前，如來出現及普賢行願從其後，各集頌文，以便研誦。蓋倣龍樹《婆沙》但釋本偈之意也。[A21]回向所以連一心於法界。出現又舉法界以感赴有情，法界緣起之義，由此見之矣。頌文仍用長行繹文而讀。
《觀所緣論釋》一卷，唐譯，《藏要》本。唯識觀行之所據，萬法備於一心而已。法有待於心緣，緣有待於心現，故內境建立又最為根本之義也。意識繼前五識而起，不能逕緣外色，護法釋特簡別之，根境互因，而本識功能渾然無跡，又別具深意焉。孰謂此師立說遂支離滅裂歟。今傳譯本不全，應取陳、唐兩譯論文合讀，得其全蘊。
《成唯識寶生論》五卷，唐譯，《藏要》本。能所唯心現，此無境唯識也。貪信亦唯心現，此染淨唯識也。徒解無境不謂之善住大乘，深識愛源唯自心，而後謂之善住也。此護法之所以釋成《二十唯識》者也。省識心源，[A22]兩離欣戚，殷勤意樂，度極無邊，此清淨方便而為善住也。由是而友教有功，身語成業，以至他心得實，佛境是歸，唯識之要，均確然可指，斯之謂成唯識也。未有至誠而不動者，求其在我而已矣。論文殘缺，應以奘譯《二十唯識》補之。
《成唯識論》節本四卷，唐譯，院編稿本。有成唯識而不足以見護法之真，此旁論深蕪，師說雜錯為之障也。今準頌本，略刪節之，則可觀矣。唯識以染[A23]淨立極，染淨唯意識憑依，故由習氣濁心，能所自轉，而說二取有異於二分，由內外取纏而說自證是而證境非。由所緣非離自性，而說境不離心，心亦不離心。由見真而了幻，遣實而假詮，而說識現非真亦可安立致用。是皆護法創義，一一取證於《密嚴》以成之者。《密嚴》善淨賴耶等同法界之極唱者也，護法所宗，豈不在斯歟。唐譯頌文，多所改削，可取《轉識論》刊之。
涅槃科三種
《大方等大雲經．大眾犍度》一卷，涼譯，院刻稿本。此為《涅槃經》之別裁，以百千不共法門宣說眾生實性，佛性常住。傳譯未全，今取初品存其綱要。經說佛以法界為身，法界等而慧等，而後悉施眾生服甘露味，是則涅槃之有緣起固不外乎法界緣起也。
《大乘密嚴經》三卷，唐譯，《藏要》本。
《佛地經論》七卷，唐譯，《藏要》本。二經均說佛之所以為佛者，又均以覺與所覺說之。《密嚴》窮其源，故曰「善淨賴耶」；《佛地》極其致，故曰「清淨法界」，其實一也。「賴耶」為瑜伽行境，以無相為指歸，[A24]眾生之所以合於佛也。法界為聖智所緣，由平等而顯實，佛之所以契乎眾生也。此生佛交感為一法界者也。無相平等云者，徧如虛空，法乃成用，繪事後素，必有以為之質也。識淨而知心同，界淨而知理同，入道之要，亦以賢聖之心為心而已矣。《密嚴》見護法所宗，《佛地》存戒賢緒論，那爛陀學之重涅槃也，至矣盡矣，蔑以加矣。
戒律科二種
《六度集經》八卷，吳譯，院刻稿本。菩薩戒學之難，以其精神貫徹行事之難也。長劫三祇，受生千萬，學處不廢六度，即六度皆有難行，此釋尊往事之足徵，非徒載之空言也。今習《集經》以知其概。本事本生繫之律藏，從毘曇家之所判也。可以《菩薩本生鬘論》參讀。
《佛所行讚》五卷，涼譯，院刻稿本。釋尊行事，五部有共同之說。馬[A25]鳴能文，略藻飾之，遂以傳千古矣。隨緣起化，事本不常，而一期行跡，真誠流露。小宗所見雖淺，亦多所啟發也。援本事例，附戒律科末習之，可與宋譯本對讀。
是周義理以一法界為主，學不能已於利他也，長養菩提，資糧善集，亦有方便之書，應知研習。
《集量論釋節本》六卷，院編稿本。陳那自輯《量論》，所以為深入佛說之門也。佛語所詮，無非遮說，《集量》發明比量因喻，用在簡餘，遮詮顯義。故以意逆志，而般若非執，瑜伽離言，涅槃無倒，二以貫之矣。可用《理門論》對讀。
《大集虛空藏所問經．抉擇分》三卷，唐譯，《藏要》稿本。大經之有《大集》，亦猶阿含之誦八眾。問非一義，法非一途。所以結眾會之終也。虛空藏問以三十五義抉擇，概括正宗，罄無遺蘊，而入般若理趣平等甚深，入瑜伽理趣亦乎等甚深，菩薩所行同於涅槃，入法界理趣又無不平等甚深。通習各科，善知抉擇，捨此無由矣。
五科佛學。各以義理推闡，遂時開展，故必歷三周而盡其學，合五科而識其全，經之緯之，成章以達，此純異乎判教之陋說也。所習五十書，時有一二精義，足以省發，華鬘莊嚴，此學乃益深切著明。融洽身心，不離塵濁，以曲致其運用。
由是學者，道為己任而自成剛健篤實之風。則千百年來，此學交困於神秘虛浮偏枯滯寂者，必可一旦昭蘇，復以真精神著見於世。今[A26]茲講習，所以植院學之基，即所以立此學之本，關係至重，願共學者知所勉焉。